是全国沿海25个主要港口之一，分为闽江口内港区、松下港区、牛头湾港区、江阴港区4个开放港区和罗源湾港区(2014年获得国务院批复）、黄岐港区（2017年获得国务院批复）2个拟开放港区，具备进境肉类、粮食、水果、冰鲜水产品和整车进口指定口岸资质。并拥有福州保税港区、福州保税区、福州出口加工区等3个特殊监管区。共有生产性泊位113个(包含外贸作业点32个和临时进靠国际航行船舶靠泊点8个），其中万吨级以上泊位46个，5万吨级以上泊位21个，结构按10万吨级以上达到16个，最大可靠泊15万吨集装箱和30万吨级散杂货船舶。目前已开辟至美西、西非、日韩、东南亚、台湾、香港、内支线43条外贸航线以及“两马”（福州马尾-台湾马祖）、“黄岐-马祖”2条海上直航客运航线。

　　【闽江口内港区】位于中国东南部，台湾海峡西岸，是新中国成立后自然延续下来的对外开放口岸。闽江口内港区水路可达我国沿海各港和世界各地主要港口，北距上海 433 海里 ，东距台湾基隆 149 海里 、南距香港 420 海里 。港内下辖台江、马尾、青州、筹东、松门、长安、小长门、琅岐8个作业区和一个客运码头，现有开放码头、泊位18个，最大可靠泊2万吨级船舶。

　　【松下港区】位于福清、长乐市交界处的福清湾内。1994年9月10日经国务院批复对外开放，并于1995年11月20日由国家交通部正式对外公布。其地理位置十分优越，水路位于经济发达的香港和上海之间，北距上海447海里、福州马尾港54海里；南距厦门港130海里、香港395海里、台湾新竹80海里、基隆港125海里。陆路西接324国道和福厦高速公路，东接长乐国际机场专用公路，并经青州大桥与闽江北岸公路网相接。目前港区内开放的码头有2个，最大可靠泊5万吨级船舶。

　　【江阴港区】位于福清市江阴镇东南部的兴化湾北岸。2003年3月12日经国务院批复对外开放，2004年7月1日由交通部正式对外公布。江阴港区地处中国海岸线中心点，北上上海、大连、天津，南下广州、深圳、香港，都在800海里以内，且居上海港、深圳盐田港航运线中部，可接受长三角和珠三角两大中国经济增长极的辐射；江阴港区距国际集装箱环球主航线仅24海里，堪称黄金水道的“黄金点”。江阴港区与台湾隔水相望，由此东进100海里是台中，150海里是基隆，170海里是高雄，与台湾各港口有地域相近，功能互补的优势，可与台湾实行优势互补，共建海峡两岸航运运作。港区内开放的码头有：5个集装箱码头，最大可靠泊15万吨船舶；1个7万吨级煤码头、2个5万吨级化工码头。   

　　【牛头湾港区】位于长乐市松下镇，海坛海峡北侧，东洛列岛西南侧。2008年12月11日经国务院批复对外开放，2012年2月14日由国家交通部正式对外公布。牛头湾港区有着便捷的集疏运条件：水路北上距上海447海里，南下距厦门154海里、距香港395海里，东至台湾基隆125海里；陆路距福州中心城区60多公里，距长乐市区、福清市区约30公里；公路主要通过福清北山一级公路，西接324国道和福厦高速公路，东接长乐机场专用公路，并经青州大桥与闽江北岸相接。目前港区内开放的码头有4个，最大可靠泊10万吨级船舶。

　　【罗源湾港区】位于福州市区北部。2014年9月9日经国务院批复对外开放。罗源湾港区与台湾、马祖隔海相望，距福州马尾港50多公里、台湾基隆142海里、上海405海里、香港435海里。自狮岐3万吨级码头2005年7月起临时进靠国际航行船舶，共有6个码头临时进靠国际航行船舶作业，最大可靠泊30万吨级船舶。

　　【黄岐港区】位于福州市连江县黄岐半岛南侧，闽江入海口北岸。2017年8月5日经国务院批复对外开放。黄岐港区面对马祖列岛，最近处仅距4.8海里，距连江县城46公里，省会福州91公里，海距马尾港33海里。黄岐港区地处我国南北交通的黄金水道，地理位置特殊，是海西一个重要的对台港口。共有2个码头临时进靠国际航行船舶作业。