地处海峡西岸，处于我国海岸线的中心和海峡经济走廊的中心突出部，东濒台湾海峡，具有优越的自然条件和区位优势。对台区位优势突出，平潭综合实验区地处台湾海峡中北部，距台湾新竹仅68海里，是祖国大陆距台湾本岛最近的地区，是两岸交通合作的重要前言平潭，能够发挥沟通两岸的重要桥梁和纽带作用。规划建设有四个港区，分别为澳前、金井、草屿、流水港区。澳前港区位于平潭主岛海坛岛东部澳前镇，北纬25°27′18″、东经119°47′31″和北纬25°27′26″、东经119°51′05″两点连线间共9200米岸线，金井港区位于平潭综合实验区金井湾片区北纬25°28′16″、东经119°40′30″和北纬25°25′54″、东经119°41′23″两点连线间共21500米岸线。澳前港区开通平潭至台北、台中2条客滚直航航线，金井港区开通平潭至高雄、台中、香港、金门、马祖、台北等多条直航及“三小通”航线。 

　　平潭水运（海港）口岸主要进出口岸货物种类为：粮油食品、土产畜产、工艺品、轻工业品、医药品、砂石、生鲜产品、冻柜、水果、邮包、快件等。