肇庆铁路客运口岸于1996年8月6日经国务院批准开放。1995年3月28日建成并开通肇庆至香港九龙客运直通列车。自开通二十多年来，对加强肇港两地经济、文化交流俣作作出了积极的贡献。为配合举办2018年广东省第十五届运动会，肇庆铁路客运口岸于2017年10月开始在原址改造。为确保肇庆火车站综合体项目顺利建设，2017年1月4日省口岸办转发国家口岸办批复（国岸函〔2017〕3号），同意肇庆铁路客运口岸在肇庆火车站改造期间暂停运行；2017年3月20日广东省口岸办下发粤府口字〔2017〕19号文，明确自2017年4月16日0时起肇庆铁路客运口岸暂停运行。目前，肇庆火车站综合体项目仍在施工建设中，故肇庆铁路客运口岸仍维持暂停运行状态。2021年12月，肇庆铁路口岸关闭。