位于香港特别行政区境内西九龙站内，为国际性常年开放铁路客运口岸，于2018年9月23日正式对外开放。西九龙站口岸分为香港口岸区和内地口岸区。香港口岸区由香港特区依据特区法律设立和管辖，实行过境限制区管理。内地口岸区由内地根据《内地与香港特别行政区关于在广深港高铁西九龙站设立口岸实施“一地两检”的合作安排》和内地法律设立和管辖，实行口岸管理制度。双方分别按照各自法律，对往来内地和香港特区的出入境人员及其随身物品和行李进行出入境边防检查、海关监管、检验检疫等出入境监管。

       广深港高铁西九龙站铁路口岸共有四层地下楼层，总建筑面积为38万平方米。地下一层为售票大厅，地下二层为抵达层，地下三层为离港层，地下四层为列车站台，口岸日设计通关流量为20万人次。其中，内地口岸区总建筑面积约10.9万平方米，出入境大厅各设置50条自助和18条人工查验通道；香港口岸区总面积约2.41万平方米，入境大厅设置人工柜台66个，自助通道22条，离境大厅设置人工柜台32个，自助通道29条。

       广深港高铁西九龙站铁路口岸运行时间为每日6:30至23:30，运行17小时。