全国认证认可工作部际联席会议制度建立于2002年4月8日，牵头部门是国家认监委，成员单位包括国家发展计划委员会、国家经济贸易委员会、科技部、国防科工委、公安部、建设部、交通部、信息产业部、农业部、对外贸易经济合作部、卫生部、海关总署、国家工商行政管理总局、国家环境保护总局、国家民航总局、国家药品监督管理局、国家知识产权局、国家旅游局等23个部门。其主要职责是：研究提出对国家认证认可工作方针、政策的意见和建议；研究协调贯彻执行涉及认证认可方面的国家法律、法规和标准中的重大问题；研究提出整顿和规范认证市场秩序、强化认证工作监督管理的意见和措施；研究协调认证认可国际合作和履行ＷＴＯ成员义务中的重大问题等。3年来，在国家认监委和各成员单位的共同努力下，部际联席会议工作取得明显成效。
按照“科学执政、民主执政、依法行政”的要求，我国在政府职能转变方面取得了很多实际效果，其中之一就表现在，以政府行政审批为主的管理方式逐步向认证认可的管理模式转变。公安部在《行政许可法》实施后，取消了5项消防产品的行政审批事项，成立了具有独立事业法人资格的消防产品合格评定中心，初步形成了由1个认证机构和4个检验机构构成的消防产品评价体系，构建了政事分开、监督与评价分离的运行机制，步入评价组织依法执业、生产及销售单位依法经营、政府部门依法监管的符合市场经济规律要求的发展轨道。截至2004年8月底，我国共向国内外430家3类消防产品生产企业颁发3Ｃ认证证书1426张。
根据各自的业务特点，积极推动认证认可制度在本行业的应用成为各成员单位的重要工作之一，这种做法同时也受到了社会各界的广泛赞誉。农业部与国家认监委推进无公害农产品认证工作，截至2004年9月，农业部已经颁发了10421个全国统一无公害农产品认证证书，总产量达6025万吨。这一认证制度的实施对全面提高我国农产品质量安全水平，保障人民的消费安全起到了至关重要的作用。国家旅游局把开展合格评定工作作为行业管理的有效手段，其评定的范围从最初的旅游饭店扩大到旅游景区、旅游厕所等旅游活动的各个环节，得到了国内外各界人士的肯定。
在部际联席会议各有关部门的积极推进下，我国实验室技术能力和管理水平得到明显提高。2003年12月，科技部决定把非典（ＳＡＲＳ）研究实验室管理纳入法制化轨道，组织专家对开展ＳＡＲＳ研究的实验室进行重新认证，未取得重新认证的单位不得再开展ＳＡＲＳ病毒的相关研究。海关总署的实验室则全部通过了实验室认可，提高了检验数据的科学性、准确性、客观公正性，为建立现代化的海关实验室打下了坚实的基础。
近年来，认证认可工作作为促进行业标准化、技术规范贯彻和实施的重要手段已经受到广泛的肯定，也取得了突破性的进展。水利部为推进节水产品认证打好基础，与国家标准化管理委员会联合发布了“关于宣传贯彻《节水型产品技术条件与管理导则》国家标准的通知”，旨在本部门推进贯标工作及产品认证工作。目前，我国已经把节水产品认证制度列为2004年至2006年的全国实施资源节约的重要措施之一，为规范节水产品市场、防止和打击假冒伪劣产品、建立市场准入制度、清理整顿节水产品生产和流通市场提供了条件。农业部先后制定了《绿色食品认证程序》、《绿色食品产地环境现状调查技术规范》、《绿色食品产品抽样技术规范》、《绿色食品检查员注册管理办法》、《绿色食品检查员工作手册》等管理规范，对推动和规范我国绿色食品产业的发展起到了积极的作用。
与此同时，由国家认监委统一管理、监督和综合协调的，地方认证监督管理部门、部际联席会议成员单位共同参与实施的认证认可监管体系逐步形成并有效运行。
