1990年10月国务院批准办理国轮外运业务，2007年9月国务院批准扩大对外国籍船舶开放，2009年7月通过国家验收组验收。马鞍山水运口岸是首批对台湾直航的口岸。2016年7月5日，马鞍山港口岸扩大开放郑蒲港区集装箱码头1-3号泊位通过国家验收组开放验收正式对外开放。

　　马鞍山港位于长江下游南岸的马鞍山市，东经118°27'9"，北纬31°44'1"，地处安徽省中部东端，与江苏省交界，是"皖江"的东大门。上毗芜湖，下邻南京，逆江而上至重庆1 959千米，顺流而下至上海440千米。港辖区上起和县的西梁山，下至乌江的驻马河口，全长41千米。港辖区自采石矶翠螺山至慈湖和尚港，全长15.7千米。马鞍山港是全国内河主要港口，对外籍轮开放的口岸，是国家首批确定对台直航的港口。港口拥有生产性泊位160个，其中5 000吨级以上泊位19个，可兼靠万吨级海轮泊位13个，最大可靠20 000吨级船舶。港口以中心港区、郑蒲港区为核心，以慈湖港区、采石矶港区、太平府港区、江心洲港区、乌江港区为骨干，当涂港区、博望港区、和县港区、含山港区为补充，形成“一江两岸，双核九区”层次清晰、结构合理、功能明确的布局体系。港口规划发展成为以集装箱、矿石、钢铁、能源物资、化工品等运输为主兼顾旅游客运的现代化、多功能、综合性港口。全港拥有长江及支流港口岸线合计62.17千米，已利用港口岸线14.83千米，占比23.85%；未利用47.34千米，占比76.15%。辖区长江段航道36.2千米，常年维护水深9米以上，中洪水位期达10.5米，2万吨级江海轮可常年到港。2017年12月22日，安徽首台H986大型集装箱检查设备配备到天顺港，该系统的使用对进出口通关货物起到严密监管与高效运作的作用，大大缩短通关作业时间，同时将企业的损失和通关成本降到最低。