南海港口岸三山港区于1996年经国务院批准将南海客运港与三山装卸点合并为一类客货运口岸，位于南海区三山港经济开发区，港区码头岸线长420米，3000吨级泊位7个，港区总面积42万平米，堆场面积23万平米。开通接驳航线有南海-香港/蛇口/赤湾/南沙/大铲等班轮；港区配备CCTV、X光机货物查验系统、闸口集装箱自动识别系统等查验设备；进出口货物种类主要为废五金、木材、家电、洗车零配件等；口岸实行“6+1”工作制（即星期一至星期六正常上班，星期天预约上班）。现由记黄埔三角洲港口与佛山市南海区交通建设投资公司共同投资设立的南海国际货柜码头有限公司负责经营。