同江水运口岸现由东、西两个作业区组成。西部作业区简称西港，即未扩大开放前的同江水运口岸，是1986年3月经国务院批准为国家开放口岸，同年5月正式开通使用，为改革开放以来黑龙江省最早获准开放和开通使用的口岸，1994年1月经中俄两国政府确认为国际客货运输口岸。该港口位于黑龙江省东北边陲同江市境内松花江、黑龙江交汇处南岸，与俄罗斯犹太自治州对应口岸下列宁斯阔耶隔江相距35公里，与俄罗斯哈巴夫斯克边疆区哈巴罗夫斯克港口水上距离272公里。该港口江面宽阔，水深流缓，是松花江最末端港口，也是中外国际船舶进出松花江河运口岸的必经之路，为江海联运的始发港之一。现有深水泊位5个，可停靠3000吨级的船舶，通航期6个月。西港港区占地面积17.7万平方米，建有货场及道路2.1万平方米，仓储库房1260平方米，联检办公用房2300平方米，备有港口装卸设备23台套，港内铁路专用线3条1.81公里，港外铁路专用线2.62公里，年吞吐货物能力70万吨。

　　东部作业区简称东港，为该口岸扩大开放港口，1988年12月经国务院口岸领导小组批准进行冰封期临时汽车运输，1995年经交通部批准开展明水期临时汽车轮渡运输。该港口位于同江市区东北38公里的哈鱼岛西北端，距俄对应口岸下列宁斯阔耶港仅3公里，距俄哈巴罗夫斯克港240公里，有较强的地缘优势。港区占地面积25万平方米，现有3个泊位和460平方米气垫船基地。备有2艘600吨级滚装船、2艘16客位气垫船、4艘8客位气垫船、3艘大型客船、1艘趸船。建有港口业务用房1400平方米、联检楼及附属用房6215平方米、硬化场地道路及查验通道2万平方米。港口至同江的38公里铁路专用线已完成铺轨，2007年可正式通车运营。该港口明水期开展船舶运输、汽车轮渡运输，冰封期开展冰上汽车运输，流冰期开展气垫船运输，基本实现了全年通关。目前，东港正在向国家申报正式扩大对外开放，并已纳入《国家“十一五”口岸发展规划》。