黑河水运口岸是1982年1月经国务院批准对外恢复开放的国家开放口岸,1983年3月经中国与原苏联两国政府换文确认为边境地方贸易口岸,1986年9月经中国与原苏联两国政府补充换文确认为国家贸易口岸,当月正式对外恢复开通使用,1990年3月经中国与原苏联两国政府换文确认为国际客货运输口岸,1994年1月经中俄两国政府再次确认为国际客货运输口岸。2004年4月经国务院批准开展口岸签证工作。该口岸位于黑龙江省北部边陲,中俄界河黑龙江上游末端南岸黑河市内,隔江与俄罗斯阿穆尔州首府布拉戈维申斯克口岸相对,双方货运码头相距3500米,客运码头相距750米,是中俄边境水运口岸中运输距离最近、城市规格最高、通过能力最强的对应口岸。由该口岸经布拉戈维申斯克可与俄罗斯西伯利亚大铁路和贝阿铁路连接,经其空中航线可与俄罗斯国内各大城市相通;由该口岸沿黑龙江水道下行,还可抵达俄罗斯远东各港口直至日本海沿岸各国港口。
黑河水运口岸历史悠久,早在1858年即成为我国对俄贸易口岸,进行民间和官方贸易。新中国建立后,1957年恢复通商,进行边境小额贸易。现已成为国家贸易、地方贸易、边境小额贸易、边民互市贸易及为对外旅游、国际旅客服务的多功能口岸。口岸运输方式随着季节变换,明水期开展水上船舶运输和轮渡运输,冰封期开展冰上汽车运输,流冰期开展气垫船运输和航空运输,可谓运输方式多元,确保四季运行。近些年以来,该口岸对基础及配套设施进行了不断改造和建设。现有货运码头、客运码头及明水期汽车轮渡与冰封期汽车运输兼用码头各1处,共有千吨级泊位12个。货运码头岸线长612延长米,场地面积8万平方米,仓库面积1万平方米,装卸机械18台(套),运输船舶26艘,年货物吞吐能力120万吨。客运码头岸线长98延长米,场地面积8000平方米,旅检大厅3600平方米,候船大厅2400平方米,旅检通道14条,年过客能力100万人次。