南京水运口岸地处长江下游，距吴淞口360余公里，港辖区沿长江两岸分布，南岸全长104.2公里，北岸全长91.0公里，航道维护水深至2010年已达10.5米，可满足3万吨级海轮常年通航、5万吨级海轮乘潮通航。长江南京港是我国沿海25个主枢纽港之一。1986年3月，经全国人大常委会批准，南京港对外国籍船舶开放。2017年度，南京龙翔液体化工储运码头有限公司3号泊位、南京港清江码头有限公司3号泊位正式对外开放；太古冷链物流(南京)有限公司进口肉类冷链查验与储存一体化设施获国家质检总局验收并投入使用。