漳州市海岸线长715公里，漳州口岸辖有七个港区：石码、招银、后石、东山、古雷、云霄和诏安港区，目前已对外开放六个港区: 石码、招银、后石、东山、古雷和云霄港区; 其中招银港区、东山港区及古雷港区为开放口岸。石码港区和云霄港区分别位于原东山港和招银港开放水域范围内，尚未有码头通过验收对外开放。漳州口岸初步规划码头泊位岸线长65公里，规划建设码头泊位266个（其中深水泊位154个），通过能力4.12亿吨，陆域面积5406万平方米。现已建成客货运码头泊位62个，年综合通过能力4142万吨，其中万吨级以上泊位16个；在建码头泊位7个，其中万吨级5个；拟建码头泊位10个。
古雷港区：地处中国东南城市带中部，厦门、汕头2 个经济特区之间，海上距台湾澎湖98 海里、高雄165海里、距香港230 海里、距厦门77 海里、汕头72 海里。古雷港区具有水位深、不淤积、航道宽、风浪小、航泊条件好、紧靠国际航线和拥有充足锚地等突出优点。古雷港区水位最深达负38 米，航道宽1 公里以上，规划码头泊位90个，形成码头岸线长约20.3 公里，可建30 万吨级油品泊位3 个，总通过能力约1.87 亿吨以上。因东向和北向的山体掩护，全年作业天数达320 天以上。漳州市人民政府出台《漳州市人民政府关于鼓励企业投资古雷石化基地石化及配套项目的实施意见》（漳政综〔2017〕2号）文件，鼓励企业到我区投资政策，其中规定港口码头等相关费用标准。港口规费按照省内厦门港规费标准收取。码头装卸仓储费不高于上海、广东、厦门等大陆地区同类货物、同类装卸量的收费标准。通关便利化鼓励措施，区园区内码头附近设有联检大楼，海关、海事、边检和检验检疫局等口岸单位全部集中办公，提供一站式通关服务。港区南2#码头2017年进口烟煤27.4万吨、精对苯二甲酸（PTA）6.17万吨、凝析油14.29万吨、对二甲苯13.54万吨，合计总进口61.4万吨。
招银港区：地处台胞祖籍地——漳州，与台湾隔海相望；处在上海、台湾、香港三大经济区的中间地带，距香港、上海港、台中港分别为287海里、564海里和120海里；位于中国东南沿海厦门湾南岸，与中国最早开放的四大经济特区厦门同处厦门湾，仅3.5海里一水之隔。拥有自然岸线长达28公里，其中-8米以下深水岸线13公里，可建万吨级以上泊位33个，形成亿吨以上吞吐能力；规划范围内多为山地和滩涂、海域，耕地少，有较广阔的发展腹地；九龙江流经该地区，有丰富的淡水资源，足以满足港口和大型临港工业项目用水需求。
招银港区为国家开放口岸，对台直航港口，是全国十大木材进口港口、东南沿海最大的木材集散地、粮食中转
港和内贸集装箱发展最具活力的码头，被国家发改委列为“厦门湾国际物流园区散粮中转基地”，被国家粮食局评为“第一批全国粮食现代物流建设示范单位”，被国家质检总局确定为“全国第一批进境粮食指定口岸”。
东山港区：中心港区地理位置位于东山岛东北部的东山湾内，坐标为东经117°31′，北纬23°45′。海路距离厦门77海里、汕头73海里、澎湖98海里，高雄164海里、香港210海里，是祖国大陆距离台湾南部最近的港口。1979年初国务院批准东山铜陵为台湾渔船定点避风港，之后，中央和省政府先后批准在东山设点：对台小额贸易点、国轮外贸出口货物运输起运点、航行港澳船舶进出口联检点、外轮海上临时交货点、国轮外贸运输装卸点、进口废钢船直航交接冲滩点、台湾渔轮劳务接送点等。1982年国务院批准设置东山口岸机构，1992年12月28日，国务院正式对外公布东山港对外籍船舶开放，东山成为我福建省继厦门港、福州港和泉州港之后的第四个国家开放口岸。口岸查验、中介代理、生产服务系统设置齐全。形成了对外、对台港澳交流贸易的口岸开放格局，为东山及周边地区经济发展繁荣发挥了重要作用，对祖国实现台湾统一大业发挥着重要作用。
东山港现是厦门港的组成部分之一。港区功能以服务临港工业、城市旅游和地区经济发展为主，积极发展散杂货和对台客滚运输、兼顾油品运输。东山港区辖有铜陵、城垵、冬古三个作业区。港区码头岸线总长5.747km,规划25个泊位，规划通过能力货运1000万吨，客运130万人次，港区陆域面积233万㎡。铜陵作业区，已对外开放的有1个5000吨级件杂货泊位，1个5000吨级集装箱泊位和1个500吨级台轮专用泊位共三个泊位，还有1个3000吨级液体化工泊位，1个3000吨级石油专用泊位；城垵作业区建有1个30000吨级和2个5000吨级通用泊位，在建的有1个5000吨级客货滚装泊位；冬古作业区建有1个5000吨级散货泊位。
东山港主要的运行航线有：东山——厦门的外贸内支线、东山——港澳、东山——金门和东山——澎湖等航线。进出口的主要货物有：冷冻水产品、鲜活鱼、水产加工品、机电产品和小食品等。东山现为省内最大的水产品出口基地，东山口岸已成为省内最大的进境活鱼口岸。
