海口水运（海港）口岸位于海南省海口市北部，地处南海航运中枢，是交通运输部规划的25个沿海主枢纽港之一，由海口港区和马村港区组成。其中，海口港区1957年对外开放，是海南进出货物的重要集散地，素有琼州门户之称，主要经营大宗散杂货、集装箱、车客滚装运输等。海口港现有码头泊位37个，其中5万吨级集装箱泊位2个，万吨级散杂泊位3个，5000吨级以下杂货泊位13个，其它车客滚装泊位19个，开通海口-香港、海口-越南集装箱固定航线2条。海口港现与东亚、东南亚、西亚等二十多个国家和地区有贸易运输往来;开通海口—越南邮轮旅游航线；国内主要开通海口至海安、北海、广州等车客滚装运输航班以及海口至广州、湛江、北海等集装箱航线。马村港区位于海南岛西北部，琼州海峡澄迈湾之西，在省级开发区—海南澄迈县老城经济开发区内，2005年对外开放，马村港水深浪平，拥有得天独厚的自然条件。马村港区现有4个锚地，13个泊位。其中，3.5万吨级泊位2个，2万吨级泊位5个，5000吨级泊位5个，500吨级泊位1个。 

　　海口综合保税区位于海南老城经济开发区内，占地面积1.93平方公里，2008年12月22日经国务院批准设立，海口综合保税区是海口保税区转型发展、区位调整升格获国务院批准设立的开放层次更高的海关特殊监管区域。海口综合保税区依托省会城市海口、海南老城开发区、马村港口岸等地理区位优势，重点发展具有海南特色、轻型的外向型加工业、物流业，为海南旅游业、航空航天产业、热带高效农业、水（海）产品出口加工业服务配套的专业园区，形成以口岸为依托的高度开放的加工贸易和现代物流园区。