海关总署为中国口岸协会的主要行业管理部门。

国家口岸管理办公室为指导单位，其主要职责为：牵头起草口岸管理规章制度，组织拟订口岸发展规划、电子口岸规范并协调实施，牵头拟订口岸安全联合防控工作制度，协调口岸通关中各部门的工作关系，指导和协调地方政府口岸工作。