2005年3月1日起施行《保税区检验检疫监督管理办法》已经2004年12月24日国家质检总局局务会议审议通过，并于2005年1月12日以国家质检总局第71号局令颁发，自2005年3月1日起施行。原国家动植物检验局1998年4月10日发布的《保税区动植物检疫管理办法》同时废止。

该《办法》适用于对进出保税区，法律法规规定应当实施检验检疫的货物及其包装物、铺垫材料、运输工具、集装箱（简称应检物）的检验检疫及监督管理。国家质检总局统一管理全国保税区的检验检疫监督管理工作。国家质检总局设在保税区的检验检疫机构对进出保税区的应检物实施检验检疫和监督管理。

《办法》规定：进出保税区的应检物需要办理检验检疫审批手续的，应当按照检验检疫法律法规的规定办理审批手续。应检物进出保税区时，收货人（货主）或者其代理人应当按照国家质检总局有关规定向检验检疫机构办理报检手续，检验检疫机构按照国家有关法律、法规、规章以及国家质检总局的规定实施检验检疫，海关凭检验检疫机构签发的货物通关证明验放。并规定：保税仓库、保税物流圆区等区域的检验检疫和监督管理参照本《办法》规定。对违反本《规定》的行为，检验检疫机构依照有关法律法规规定予以行政处罚。