福州海关将提供闽台货物通关便利，对于报关单填写规范，单证合法、齐全、有效且无需查验和纳税的，自货物申报之日起1个工作日内放行。此外，还将大力推行“就近报关、口岸验放”、提前报关、加急验放等通关措施。而此前，货物往往需要多个工作日才能完成通关。
针对“两马”客运航班增加的情况，海关在旅检现场落实周日值班制度。同时，对通过对台小额贸易渠道进出境的台湾农产品开设“绿色通道”，对涉台农产品和深加工农产品实行全天候通关。
对到我省投资农业、林业、畜牧业、渔业等项目的台资企业予以优先办理注册登记，特事特办。在材料齐全的情况下注册手续可在2个工作日完成；尚未办理注册手续的台资企业，确因通关急需，可凭主管部门的审批文件当天办理临时注册，待货物通关后再补办正式注册手续。
扶持台湾农产品加工贸易企业。在台湾水产品出口加工区还没建成前，可将水产品加工企业引入福州出口加工区。
