对CEPA认识不够深入全面
调研发现，尽管粤港澳三方已对CEPA的宣传推介做了大量工作，但仍有不少企业对CEPA缺乏深入全面的认识和了解。首先，在相关的宣传推广中对CEPA有利于港澳的方面讲得较多，对其双向和互利作用讲得较少，使部分人对CEPA产生片面认识；其次，广东许多企业尤其是民营企业对CEPA的关注不够，不少企业负责人对CEPA一知半解甚或根本不了解，导致参与热情不高，更谈不上主动利用CEPA寻找商机；再次，许多港澳企业对CEPA内容和细则缺乏深入的了解，有的以为零关税就是完全不征税，不知道仍然需要依法征收进口环节增值税；有的以为只要是属于273种商品之一，就可以免关税进口，不知道需要办理原产地证明；或者认为只需普通的原产地证明就可免税进口，不知道CEPA项下的原产地证明是指定机构出具的优惠原产地证明等；第四，对在粤外国公司和跨国公司的宣传不力，忽视了CEPA给这些公司带来的投资港澳、借道进入内地市场的商机。
货物贸易零关税政策效应不明显
CEPA实施半年来，仅有约4.5亿港元的港澳原产货品在进入内地市场时得以享受零关税优惠，零关税政策的效应并不明显。
调研发现，目前，实施货物零关税政策存在以下问题，影响了零关税政策的有效推行：一是港澳方面审批原产地证书的手续严格、繁复，部分港澳厂商尤其是小额出口商考虑到零关税优惠有限，宁可完税进口而放弃对原产地证书申领的繁杂手续；二是对一些生产急需产品，由于办理零关税审批时间较长，部分厂商被迫放弃争取零关税待遇；三是产品开放面不够宽，比如港澳食品界就普遍反映第一批零关税产品中仅包括“冰淇淋及其他冰制食品”一种食品的范围不尽合理，幸而第二批零关税产品目录已经公布，产品开放面已有所放宽；四是部分产品原产地规定过严，对一些高档产品不尽适用，尤其对于原材料进口而主要加工制造工序在港澳完成的钟表等产品，以从价的30%附加值而非以主要加工工序来界定，不尽合理。
服务行业开放缺乏相关配套措施
CEPA签署至今已超过一年时间，目前内地已制定和颁布相关配套政策的只有对外贸易、建筑及建筑工程设计、道路运输、城市规划、国际货运代理、电影院、商业、音像制品分销和广告9项法规。这给CEPA的实施、操作造成许多不便。如对港澳居民在内地办理个体工商户经营活动中涉及的经营资金汇入内地或将利润汇出境外时的相关外汇管理措施缺乏明确指引，使拟在内地开办个体工商户的港澳居民心存疑虑。
部分服务行业的准入门槛偏高
部分港澳人士认为，CEPA第一阶段开放的服务业门槛虽然已有所降低，但限制条件仍较多，希望能进一步拓宽港澳资本进入内地的渠道，降低包括银行、保险、证券等一些专业服务业的行业准入门槛。
从调研情况来看，CEPA的开放度反而不如之后公布的新政策，致使一些条款未及执行就已“失效”。如2004年2月12日开始实施的《设立外商投资会议展览公司暂行规定》，允许外国投资者以外商独资形式设立外商投资会议展览公司。这就使CEPA开放会议服务和展览服务业的条款失去了实际意义。又如CEPA规定香港、澳门服务提供者申请在内地设立批发商业企业，要求企业的注册资本最低限额为5000万元人民币。然而，2004年6月1日生效的《外商投资商业领域管理办法》规定，外商有50万元人民币的注册资金即可成立批发企业，且可从事商品进出口业务，30万元人民币的注册资金即可注册成立零售企业。这已远远突破了CEPA对港澳资本在分销服务业的开放度。鉴于内地市场对外开放步伐有加速赶超CEPA对港澳开放度之势，加上我国入世承诺的市场开放时间表也日益逼近，一些港澳投资者采取了观望的态度。
审批程序有待简化行政效率有待提高
CEPA中关于原产地证明申领有一套严格的管理程序，需14个工作日，以致有的企业因怕麻烦而宁可放弃零关税优惠；另外“港澳服务提供者证明”申请程序繁琐，还需要由指定律师机构验证，且手续费不菲，增加了业者的成本和难度；其次到内地投资注册程序复杂，审查项目过多，限制条件过严。比如要求港澳服务提供者拟在内地从事的业务必须与其在港澳从事的业务实质一致，证明资料繁冗，甚至涉及公司商业秘密，给投资者造成困惑。再如港澳投资者在办理证明书时经常遇到共用资源问题：港澳公司常常设立集团公司、母公司和子公司负责不同的事务，以分散风险并透过资源共用减低成本。尽管此资源共用方式符合港澳法律，但却不符合内地相关规定，亦即不能将集团公司、母公司和子公司的共用资源视同其中一间公司申请《港澳服务提供者证明书》所要求的条件。
此外，CEPA项下服务业审批权大多集中在中央及省级相关部门，这在很大程度上影响了CEPA实施的效率。
投资营商环境还需优化
CEPA中的贸易投资便利化有两个重要内容，包括通关便利化和投资营商环境的优化。广东省在这两方面仍存在一些问题。在通关便利化方面，经过广东海关的不懈努力，广东省的通关效率已有很大的提高。但是，随着CEPA的实施，粤港澳三地之间经贸往来更加密切，通关效率仍未能满足经济发展的实际需要。目前，粤港、粤澳各主要口岸在基础设施建设、口岸查验模式等方面，会出现不能适应CEPA和“自由行”实施后物流人流不断增多的通关需求的情况，对口岸造成压力，与“交通网络化、口岸现代化、查验电子化、审批便捷化”目标还有一定差距。
此外，广东在承接CEPA机遇过程中，供电紧张，劳动力短缺，招工困难，政务环境包括各级政府的观念、职能、效率等问题，均需要进一步改进。
