按照自治区“三互”通关改革的部署和要求，为了推进满洲里口岸实现以监管互认、执法互助、信息互换为内容的“三互”通关改革,在深入口岸现场实地调研评估、充分征求联检部门意见和外出考察学习的基础上，满洲里海关、出入境检验检疫局、边防检查站和市口岸委四方达成共识，签署了四方合作备忘录，率先在公路口岸旅检出境通道启动“三互”通关改革。2016年8月初，公路口岸人员出境通道实现了关检合作“并联式”作业，公路口岸客车出境通道实行了海关、检验检疫、边检“一站式”通关。在满洲里公路口岸旅检出境通道实现“三互”通关的同时，市口岸委积极协调海关、检验检疫、边检等部门，推进公路口岸旅检入境通道“三互”通关改革。2016年8月2日，市口岸委起草了《满洲里公路口岸旅检入境人员通关大厅“三互”改革方案》和《满洲里公路口岸旅检入境车辆通道“三互”改革方案》的讨论稿，并到海关、边检、检验检疫等部门逐家走访征求意见，就公路口岸客车入境通道改革达成了一致。2016年9月18日，海关和口岸物业服务中心先行搬入临时验放厅，9月27日，开始对原区域进行室内改造。11月24日，相关联检部门对正在改造的验放模式提出“进一步完善”的改革要求后，市口岸委领导与海关、边检、检验检疫等三方负责人进行了反复深入协商推进，就公路口岸旅检入境通道实施“三互”通关达成了一致，为实现公路口岸旅检进出境双向“三互”通关奠定了基础。
在公路口岸旅检通道实现“三互”通关的带动下，2016年12月20日，航空口岸启动实施了海关、检验检疫局、西郊机场“三互”通关模式，创新性地实现了“一机三屏”。铁路口岸旅客列车实施关检“联合登检、共同查验”，在旅客查验现场采取“一机两屏”，共享X光机机检图像，实行“前台共同查验，后台分别处置”的工作模式。满洲里口岸“三互”通关改革在公路口岸、航空口岸、铁路口岸得以全面实施。
