按合作协议，中国国际电子商务中心和中国电子口岸数据中心将发挥各自优势，同建设国际一流的电子政务/商务平台，并在主管部门的帮助下与其他电子政务和电子商务平台进行数据和业务方面的协同，以此实现电子政务和电子商务网络互连互通、资源共享，在统一，安全，高效的平台上连接国检、外汇、工商、税务等政府管理机关，以及银行、物流、港口、中介等服务企业。从而实现电子政务平台与电子商务平台的数据实时交换，满足政府部门管理和决策的需求，建立“一卡通”和“一体化”的服务体系，降低企业成本，提高企业核心竞争力。此外，在展开上述合作中，协议双方都将以保证各方现有经济利益不变为前提，而新增的经济利益则由协议双方平均分享。
据介绍，协议双方将以“为市场主体创造良好经营环境”为方针，通过政府所提供高效、便捷的服务监管模式，一方面降低政府和企业的综合成本，另一方面为企业提供高效的管理效率，从而全面提升企业的国际竞争力，实现良好的社会效益和经济效益。而且，双方将统一支持下属机构及各地方外经贸部门，参加各级政府建设的地方电子口岸项目，通过共同建设的地方电子口岸平台实现加工贸易管理、配额许可证管理、企业联网报关等电子政务应用项目的“一体化”服务。同时，协议双方还将向各地方电子口岸提供技术支持和服务，其各自的内部管理系统将保持不变。
此次合作是商务部与海关总署在“广州市海关加工贸易联网审批系统”之后的又一次信息化方面的合作，也是在电子政务建设的过程中，各部委之间合作的开端。据悉，中国国际电子商务中心和中国电子口岸数据中心签订协议后，双方将建立固定的联系渠道和磋商机制。如果此次协议所规划的三个项目全面启动并平稳运行，双方还将通过合资，互相参股，等形式将规划项目的合作进一步推向深入，并继续寻找在其他领域的合作。可以这样说，该协议的签署将为商务部与海关总署的合作翻开新的一页。
