上海口岸工作领导小组办公室于2005年6月16日上午在市政府揭牌成立，它作为上海市人民政府的直属机构，承担上海口岸工作领导小组的日常工作，负责行使上海口岸管理以及“大通关”的协调、服务职能，这是上海市率先在全国省市一级口岸管理机构中进行的重大改革和调整。目的是增强口岸功能，更好地服务全国、服务“长三角”，加快上海建设国际贸易和航运中心之一的步伐。市委常委、副市长周禹鹏为口岸办揭牌并讲话。
    经上海市委、市政府批准，原上海口岸管理委员会更名为上海口岸工作领导小组；撤消上海口岸管理委员会办公室，建立上海口岸工作领导小组办公室。同时撤消上海市空港管理委员会及其办公室。空港地区行政管理职能经法定授权后交给上海机场集团有限公司。