为加快上海国际航运中心建设，充分发挥长江黄金水道的作用，进一步理顺长江口航道管理体制，国务院已经批准，决定成立“交通部长江口航道管理局”。交通部副部长翁孟勇出席了6月18日的成立仪式。

过去承担长江口航道建设重任的长江口航道建设有限公司，由交通部和上海、江苏两地政府共同投资。二期工程建成后，为确保长江口这一黄金水道的畅通，国务院决定成立“交通部长江口航道管理局”，长江口深水航道三期工程的建设资金全部由政府投资。该管理局的主要职责是负责长江口航道的规划、建设、维护、管理以及科研工作等，有利于建立健全长江口航道长效管理机制。