为方便台湾同胞以及往返马尾与马祖的大陆居民的需要，经海关同意，福州中免免税品有限公司在“两马”旅检厅内设立免税商店。随着海峡两岸经贸往来愈加频繁与“两马”旅游的开放，免税商店将不断改善其窗口服务功能，促进与国际化港口接轨，使游客得到方便实惠的服务。