据了解，马尾口岸对台小额贸易仅单方面有进口而无出口，二00二年刚开通时进口的商品主要是台资企业急用的少量生产设备零配件、生产资料以及台商个人所需的生活用品等 ，量值较小。随着两岸经贸往来的密切和繁荣，马尾口岸对台小额贸易业务快速发展，但由于对台小额贸易进口的商品品种杂乱且数量不明确，不仅给海关监管造成很大困难，也影响了货物的通关速度。
为了解决这一问题，二00三年七月，马尾海关在马尾港对台小额贸易监管点设立了专门的对台小额贸易监管科，细化业务操作规程，规范海关监管程序，并推出了申报、查验、放行“一条龙”服务，为对台小额贸易创造了良的通关环境。
今年福州“五・一八”海交会期间，台湾水果首次直航入闽，引起了强烈反响。地方政府利用两马直航效应，积极开展对台农产品交易，力争将福州打造成台湾农产品进入祖国大陆市场的集散地和中转站。预计未来随着两岸经贸关系进一步发展，马尾口岸对台小额贸易将迎来新的发展契机。
