近年来，昆明海关始终坚持把关与服务并重，致力于推行新的通关作业制度和业务流程，简化通关手续，缩短货物流转周期，提高通关效率，扩大24小时通关或24小时值班，在关区全面推行了预约报关、便捷通关、区域通关、网上付税等支持企业通关的具体措施。同时，加强风险分析监控，对业绩良好、守法经营的企业开辟绿色通道，提供通关便利，共同营造“快速通关”环境。2005年，昆明海关共监管进出口货运量447万吨，进出口总值24.3亿美元，同比分别增长8.9%、38.1%，监管进出境旅客285万人次，行邮物品28.6万件。
昆明海关在昆明机场、西双版纳等鲜活产品进出口量较大的海关，实行了“多点申报、机场验放”的新型通关模式，开设果蔬鲜活易腐产品货物特殊通道，实现了果蔬鲜活易腐产品“零等候”通关。同时，昆明海关还参与了泛珠三角海关合作等区域通关改革，并于去年11月实现了昆明机场口岸与广州白云机场口岸对接，从而让云南企业的出口货物实现了“一次申报、一次查验、一次放行”。
