2006年福州海关工作总体思路是：认真贯彻全国海关关长会议精神，坚持以海关工作16字方针和队伍建设12字要求为两个基本点，落实科学的治关理念，以改革创新、整合完善为抓手，以进一步健全风险管理机制、加强基层建设为着力点，深入推进现代海关制度第二步发展战略，建设高素质的准军事化海关纪律部队，努力完成海关税收、监管、打私、统计等各项工作任务，全面构建和谐海关，主动服务福建省海峡西岸经济区建设，为开创“十一五”时期海关工作新局面开好局。

一、全力帮助福清、马尾2个出口加工区建设，并继续推动江阴保税物流中心（B型）的申请和建设，争取完成项目审批；

二、支持福州新港、罗源港、可门港等重点项目建设，推动福建港口经济的发展；

三、进一步扩大“属地申报、口岸验放”通关模式适用范围，推动福、厦关区、泛珠三角区域海关联动；

四、认真执行减免税政策，帮助企业用足用好优惠政策，鼓励和推动经济增长方式加快转变；

五、继续推进加工贸易监管模式改革，年内计划新增加15家联网监管企业。

六、继续坚持和完善“7天工作制”、建立“通关110”等制度，实现为企业通关全天候、全方位服务。