大通关是提高口岸通关效率的系统工程，实施大通关工程对改善投资环境、增强口岸服务功能、促进外贸发展具有十分重要的意义。近年来，济宁检验检疫局按照国家质检总局和山东检验检疫局的统一部署和要求，不断完善工作机制，积极推进了济宁内陆口岸的大通关建设。
        一、深化“六个一次”，理顺业务关系。根据“三检合一”后检验检疫业务“六个一次”的要求，对局内部工作机制进行了理顺。做到了能在一个科室办理的工作不在两个或多个科室办理，能在一个科室解决的问题不在两个或多个科室解决，对涉及两个或多个科室的业务集中在一个科室，实行“一站式”服务，减少了工作环节。同时采取了“一简、二先”优惠措施，提高了通关效率。一简：即对实施分类管理不抽检部分的出口商品，实行报检即放行的业务处理模式，简化手续，随报随放。二先：即先报检，后放行。对服装、纺织品、化工品、矿产品等出口商品，允许企业在产品生产前报检，检验检疫部门在生产过程中施检，产品产出后即办理放行；先放行，后检验。对不需要实施检疫和卫生除害处理的进口商品，采取报检时先放行通关再检验的方式，减少货物滞港时间，加快通关速度。
        二、以提速、减负、增效、严密监管为目标，加快电子检验检疫建设步伐。一是积极实施“三电”工程，实现了电子申报、电子签证、电子转单的三个100%，对所有出口企业实现了“直通式”报检，对暂不具备电子报检的企业，在报检大厅设立了自动报检室，方便企业自动报检；二是实现了检验检疫证单的内部无纸化流转，取消了纸面证稿，加快了工作流程；三是进行业务证单签字制度改革，实行授权签字人制度，减少工作流程，提高工作效率和服务质量。
        三、实施分类管理，积极探索检验检疫监管工作模式。一是对一、二类企业实施快速核放。在对工业品实施过程检验、型式试验的基础上，在检务窗口设置快速核放通道，对符合一、二类企业条件的14家，全部实施快速核放，并对快速核放企业实施动态管理。二是探索新的检验监管模式。对月平均出口量超过5批的工业企业全部实施了过程检验、抽批检验等监管模式；对兖矿科澳铝业实施了“合格保证+符合性验证+抽批检验”的检验监管模式；对所有出口植物产品生产加工企业采取了ABCD四类检验监管模式；对进口成套二手设备和旧机电产品的企业探索出了“检验—整改—最终验收”的检验监管模式；对4家管理科学规范、生产加工自检自控体系完备、产品质量长期稳定的4家大蒜加工企业，试行了“绿色通道”制度，开全国出口农产品检验检疫监管模式之先河。三是运行“大口岸”检验检疫监管模式。对11家信誉好、诚信度高的进口企业实施了“属地报检，口岸放行”的新模式，变进口货物口岸、目的地两次报检为目的地一次报检，简化了手续，减低了成本，为企业发展提供了便利。
        四、采取有效形式，不断提高大通关实效。一是开展了出口货物监装工作。研究指定了《出境货物查验监装管理办法》，自主研发了“产地局出境货物查验监装管理系统”，对出口直接放行的货物进行抽查监装；二是初步建立了良好企业名单和“黑名单”制度。，把一批产品质量长期稳定、自检自控体系完善、风险低的农产品生产企业列入良好企业名单，并适时减少企业监管频次和抽批比例，提高了检验监管效率；三是针对进口大豆、小麦内地监管批次多、批量大的特点，研究制定了《进境大豆等植物产品检疫监管方案》，加大宣传和监管力度，有效避免了疫病疫情和有害生物的传入；四是对出口木质包装检疫实行了电子监管。与企业共同开发了“木质包装远程监控系统”，对木质包装处理过程实施了电子监控，提高了监管的有效性，节省了企业的时间和费用；五是进一步转变工作作风，继续落实急事急办、24小时服务、“5+2”工作模式、绿色通道等优质服务措施，在严格把关的前提下，提高工作效率，实现了快速验放。