按照总站党委关于一切为了基层、一切为了奥运的工作要求，总站机关各部门从大局出发，在自身工作任务繁重、人员极度紧张的情况下，以机关日常工作为辅、倾全力保障一线。

办公室加强统筹安排，科学筹划各项工作部署，简化工作程序，尽可能给基层单位减轻负担；政治处努力加强奥运决战时期的思想政治工作，创造性地开办了“奥运大讲堂”开展培训工作，合理调配警力，实现警力合理配置优势最大化，并在不影响勤务基础工作的前提下，积极组织丰富多彩的文化体育活动，舒缓民警压力，调整民警状态，催生工作动力；督察处在加强警务监督检查力度的同时积极参与勤务值班；后勤处努力改进餐饮住宿服务质量，加强备勤区域工作、生活设施场所的维修与管理，尽可能为民警提供优质的工作生活环境；业务处实施双领导双值班员的勤务值班制度，确保为执勤单位提供有力的业务指导；技术处投入大量警力驻守在执勤现场，以保证技术设备的正常运行，避免因技术设备问题影响边检勤务工作的顺利进行。

为加大奥运期间对外联络和信息报送工作，政治处、办公室抽调专人在执勤现场办公，加强了总站信息工作。为减轻奥运期间基层单位专项工作警力压力问题，总站还在办公室、政治处、督察处、后勤处抽调警力协助遣返审查所开展工作。从7月1日开始至残奥会结束，机关已全面停止双休日休假，全力保障奥运。