自2009年1月1日起，福州保税区海关整体搬迁至福州新港。加快福州新港的建设发展，是福建省委、省政府新的战略部署，福州海关响应积极，行动迅速，把确保福建经济持续较快发展当作自己义不容辞的责任。为实现福州新港与福州保税物流园区之间的联动通关，更好地服务福州新港、临港工业和保税物流的发展，福州海关克服各种困难，迅速对所属现场业务处、福清海关、福州保税区海关的部分内设机构和职责进行调整，对福州保税区、福州保税物流园区和福州新港的海关监管业务进行整合，在较短时间内完成了将福州保税区海关成建制迁至福州新港的准备工作，于2009年元旦正式挂牌对外办公。