两岸直接“三通”自2008年12月15日起正式启动。有观点认为，小额贸易必将随着直接“三通”的逐步完善而被取代；也有观点认为，小额贸易具有独特的优势，至少在3－5年内还将发挥重要作用，成为多种贸易方式的补充。据福州检验检疫局调研，从两岸直接“三通”近3个月来的运行情况来看，两者各具优势，可以共存且相互补充。

    一、两岸直航在一般贸易和大宗货物运输方面优势明显。两岸直航运输具有载货量大、航运距离短、运费低的优势，又免去到第三地和换单证的繁琐。对于一般贸易和大宗产品单一商品而言，从台湾本岛直航到大陆，可免去相关手续，时间掌控自由度大，这种优势在金融危机的大背景下显得尤为突出。而小额贸易受限于贸易金额、船舶运力、监管政策等，且存在部分贸易点配套设施不完善等问题，部分相对量大价高或拟进一步扩大贸易规模的小额贸易就可能转投直航。此外，台湾当局一直对小额贸易方式持不支持态度，考虑到关税流失和政治需要，也倾向于两岸直航。

    二、对台小额贸易具有不可替代的优势。一是贸易点多。目前，福建省沿海共有28个对台小额贸易点，福建检验检疫局辖区占24个，其中14个开展了对台小额贸易，已对贸易量较大的马尾、铜陵、石井、深沪、梅林、秀屿、三沙、黄岐等贸易点实施了监管。2008年，福建省对台小额贸易7816万美元，比上年增长22.3％。二是适应性强。台商在大陆办的企业较多，补充机械类配件、原材料多从台湾供货，且多为自用商品，种类杂、单一品种量少，如用一般贸易或装载量大的货船，难以实现货物随装随走、按需装运的需要。而小额贸易适应性较强，从较早的自用零配件等生产资料补给，发展为工业原辅料、水产品、农产品及日常消费品等，贸易货物不仅为沿海台商、台资企业提供补给及市场销售，经转内地的货物也开始增多。三是时效性强。小额贸易是点对点之间的贸易，距离较短、运时较少。企业机械类配件、原材料的补充一般要求能够快速到达，以便及时投入生产，实现零库存，尤其是甲鱼受精卵等动植物货物对时效性要求更高，一般贸易或装载量大的货船难以适应，而小额贸易则可有效解决不同货物的需求。四是优惠政策多。目前通过小额贸易方式的货物不是以实际价值计价，而是以货物的重量来计算运费和报价，一般来说向监管部门报送的货物价格比其货物实际价格低，加上海关在计关税上给予20％以上的优惠，这是小额贸易独特的优势。此外，外经贸、检验检疫、海关等监管部门在小额贸易的经营资格、监管措施等方面都在逐步优化便利举措，实施“全天候”、“无假日”、7天工作制和24小时预约加班服务，实行到货现场快速检验检疫和监管仓库集中查验等便捷措施，极大地便利了小额贸易检验检疫监管。

    此外，福州检验检疫局建议尽早搭建两岸政府部门联系沟通平台，为两岸贸易提供服务，进一步畅通两岸贸易往来。一是政府层面上应形成互通机制，在贸易政策、方式，基础设施建设等方面进行互动，充分发挥直航优势；二是探讨建立两岸口岸主管部门间关于检验检疫工作相互通报、备查机制以及检验检疫结果相互承认的可能性，如在食品农产品质量安全、“3C”认证、交通工具从业人员的健康状况（主要是传染病方面）等方面建立沟通、通报机制；三是建立两岸检验检疫机构官方层面的联络机制，共享两岸检验检疫信息，进一步提高把关有效性，防止疫情的传播和提高产品质量。