自2008年12月15日首航以来，客流量一直维持在较高水平。参与杭州至台湾直航的两家大陆航空和四家台湾航空公司，11周共执行航班342架次，旅客吞吐量超过5万人次。平均客座率保持平稳，达到66%，春运黄金周以及黄金周前后一周客座率达到76.5%。在此后的直航第10、11周，客座率节节攀高，分别达到82.0%、93.0%。两岸直航航班收入已占杭州萧山国际机场国际（地区）航班收入25％。

    杭州口岸台湾线的客流并没有遵循2、3月份是传统旅游淡季这一规律，反而出现了一个“井喷”的客流量，虽然每天杭州至台湾的航班可提供3000多个座位，但仍供不应求。据最新消息，3、4月份台湾线的旅客订座率也异常火爆，原本的包机量完全不能满足旅客量的激增。从其他几家航空公司得到的消息也印证了杭州口岸台湾线一枝独秀的现象。

    杭州萧山国际机场在两岸客运常态包机中与台湾地区的通航点是目前大陆机场中最多的，直航航班总量和台湾航空公司飞行班次仅次于上海，位列大陆机场第二，航班总量在大陆第二批开放机场中位居第一。