2009年3月30日，赣州、厦门两市在厦门举行《关于加强两地口岸合作的协议》签字仪式，赣州市副市长邓又林、厦门市副市长潘世建及厦门港务控股集团和两地口岸部门有关领导参加了签字仪式，这标志着厦门、赣州两地口岸合作进入了一个新阶段。《协议》明确，两市将共同做大做强“赣州-厦门”铁海联运，推进赣州“无水港”项目建设和口岸电子物流信息平台建设；建立两地口岸部门通关协作机制、信息互通机制；此外，还将在铁路转关、航空物流等方面开展全方位、多层次的密切合作，共同促进两地经济的发展。

    近年来，随着赣州外向型经济的蓬勃发展，厦门与赣州的经贸往来日益密切。2007年11月6日两地签署《关于加强“海西”建设，进一步推进区域合作的协议》，使赣州和厦门两市合作迈出新的步伐。在两地相关部门的鼎力支持下，赣州―厦门“铁海联运”于2005年6月份试运行，2007年6月开通集装箱班列，成功地拓展了口岸通道，有效的减少了货物周转环节，提高了企业贸易效率，降低企业物流成本。目前，两地口岸在建设和完善口岸软、硬件环境，实现两地通关“一条龙”服务方面，已成功开展了多项协作。

    这次厦门、赣州两地口岸合作协议的签署,是两地政府对《关于加强“海西”建设，进一步推进区域合作协议》的进一步深化和具体落实，也是积极主动帮助企业应对金融危机、促进经济发展采取的具体举措。随着两地口岸合作不断深化，两市探讨共同解决口岸通关中出现的问题，以进一步提高口岸通关效率，优化口岸环境，降低口岸物流成本，实现两地外经贸发展的“双赢”。