3月25日，南沙海关挂牌，开始正式对外办理海关业务。广东省副省长万庆良，广州市副市长陈明德，海关广东分署副主任何力，广州海关关长郗治安和广州市政府口岸办主任贾金业等领导参加挂牌仪式。2007年12月，国务院批复广州港南沙港区口岸开放，同意设立处级南沙海关。2008年4月，海关总署批复同意设立南沙海关，隶属广州海关，业务管辖范围为广州市南沙区。南沙海关成立后，南沙区有关企业办理企业备案、减免税等业务，不仅可以提高办事效率，还能够缩减各种成本。据统计，南沙区内海关监管的货物总值从2006年55.9亿美元上升至2008年的109.1亿美元，海关征收税收入库也相应从35.4亿元上升至57.7亿元。