通航不到半年，厦门五通码头的客流量已占整个厦门至金门航线的近１／４，每月进出旅客２万多人次。２月２５日，五通码头正式开始实施扩建。工程分两阶段实施，待２０１０年全部完工后，五通码头的年旅客吐量能力可达１００万人次。

　　第一步：扩容候船大堂

    五通码头目前每天平均客流近８００人次，航班进出客流高峰时，年设计能力５万人次的候船楼略显拥挤，特别是面积仅３００ｍ２的大堂尤为局促。为解燃眉之急，扩建第一阶段投入３５０万元率先增加近１０００平方米的候船大堂，这一工程将于今年上半年完工，通过建设，可以迅速改善旅客的候船环境，完善旅行社和票务公司的服务设施等，使五通码头的保障能力达到３０万人次／每年。

　　第二步：拷贝一个候船楼

    第二阶段，五通码头将在现候船楼的西侧拷贝一个候船楼，再新建一栋９０００平方米候船楼，预算人民币３５００万。该楼计划在２００９年下半年开工，计划２０１０年投入使用。通过二期扩建，五通候船楼建筑面积达到１６０００平方米，年保障旅客７０万以上，均匀排班后可保证年１００万旅客吞吐量。