上海海事局作为维护上海港水上交通安全的主管机关，面对如何在新历史现状下更好地为上海国际航运中心服务，如何率先达到中等发达国家的水上监管水平的挑战，海事部门积极创新，推出的一系列新举措，不仅加快了上海国际航运中心建设的步伐，也在很大程度上缓解了目前国际金融危机情况下港航企业的压力。
一是创新服务 保障上海港货物集疏。
随着货物吞吐量增加，上海港集疏运能力的制约逐渐显现。上海的公路运输压力已经很大，国家铁路集装箱运输体系又尚未成熟，综合多方面考虑，江海联运等水水联运更符合上海港整体发展要求和绿色物流理念。为了推进江海联运的前进步伐，促进上海国际航运中心建设，服务港航经济，上海海事局通过认真分析调研，及时出台了《长江至上海洋山深水港区航线签注船员培训、考试办法》来解决这一瓶颈问题。自航线签注实施以来，上海海事局已培训内河船员1038名，并对1035名考试合格船员进行了航线签注。“签注”不仅解决了江海联运船舶船员的适任问题，也为航运单位带来了可观的经济效益。据初步核算，一艘航行于特定航线的集装箱海船，以经签注的内河船员替代海船船员能节约船员工资成本约80万元。再加上一装一卸节约的转运费、签证费、燃油费等，一年共可节约成本近二百万元左右。今后，上海海事局将在长江沿线设点开展上门培训，拟在武汉、安庆、南京等地开办培训班，尽最大努力方便船员，免除他们的路途奔波之苦，同时也可节约船员的培训费用，让行政相对人时刻感受到上海海事的温暖。
二是简化手续 提高效率 优化上海口岸软环境。
“网络”是信息高速化的标志，如果能够网上办公，无疑会提高行政机构的办事效能，进而优化上海口岸的软环境。目前，上海海事局已对上海港船舶载运危险货物的申报和船舶防污染作业申报全面实行远程无纸化审批。实施无纸化审批后，有关单位通过网络即可远程发送电子报文办理有关申报手续，此举标志着上海港船载危险货物与船舶防污染作业申报全面与国际先进水平接轨，迈入了高效、便捷的全面“无纸化”新时代。
全面实施船舶载运危险货物与防污染作业无纸化申报，将大幅降低申报单位的纸张消耗、交通费用与人力成本，预计每年可为管理相对人节约成本5435万元。更为重要的是，无纸化申报的实施显著缩短申报时间和船舶在港时间，能明显提高船舶周转效率与危险货物通关效率。目前在上海海事局通过远程无纸化形式办理船舶载运危险货物的申报和船舶防污染作业申报的单位已达到近500家。
此外，在行政审批上，上海海事局对行政相对人也大开方便之门。通过对《水上水下施工作业》许可权限的下放，原来只能在上海海事局局机关进行的行政审批，现在已经扩大到九个局属海事处，受理窗口由原来的1个扩大到10个，不仅便利了行政相对人就近申请,缩短了行政相对人等待许可的时间,也提高了海事服务的效率和效能。对行政审批时限，上海海事局也采取急事急办、加急办理的措施。上海海事局对申请办理《船舶油污应急计划》等防污染文书及《油污损害民事责任保险和其它财务保证证书》、《燃油污染损害民事责任保险或其他财务保证证书》的航运单位，如其船舶须紧急出境，已由原定7-20个工作日缩短为1个工作日内办毕。
三是完善通航服务 为船舶航行安全保驾护航。
受金融危机的影响，上海港辖区水域停航锚泊船迅速增多，因锚地资源有限，造成了部分船舶无处抛锚的尴尬局面。为缓解船舶数量增多与锚地资源不足之间的突出矛盾，上海海事局在南槽航道下段新辟的两个临时锚地，可供103艘长度
智能导航仪的宣传和推广是上海海事局又一通航新举措。智能导航仪是上海海事局船舶防碰撞智能交通的一项创新性科研成果，集成了AIS、GPS、电子海图、智能报警等功能，实现了航行信息综合显示和智能导航，其推广应用，为航海人员提供了更多的安全信息和更好的助航服务，同时为货主以及利益相关人合理安排作业创造条件，也为海事主管机关对船舶加强监控提供了有效手段。
为近一步完善长江口深水航道的通航秩序，上海海事局已开展起草《长江口深水航道12.5深水航道通航管理规定》的前期调研工作。长江口深水航道整治三期工程航道长
