2009年，上海海关全年征税入库1955.03亿元，较2008年增长8.4%，再创历史新高。2009年税收之所以能摆脱低迷，主要有以下几方面原因：
 
    第一，上海关区经济回暖较快，一般贸易进口形势趋好稳定了税基。2009年一季度上海关区进出口1045.9亿美元，同比降幅24.9%；二季度进出口1216.8亿美元，同比降幅22.5%；三季度进出口1409.9亿美元，同比下降16.9%，降幅逐季收窄。尤其是关系到海关税收的一般贸易进口量，自8月份以来连续保持同比增长，起到了稳定税基的作用。
 
    第二，中央加快上海两个中心建设的战略决策进一步增强了上海的集聚辐射能力，凸显了贸易物流的枢纽作用，为上海海关税收再创新高提供了客观条件。为确保进出口货物在上海口岸的顺利通关，上海海关深入推进“大通关”系统工程，坚持“5+2天”通关工作制度，确保货物“365天，天天能通关”；积极推出“提前报关、货到验放”、“属地申报、口岸验放”、“集中申报、选择查验”等各项便捷通关措施，提高通关速度；支持发展各种新型转关业务，大力推进区域通关改革，实现进出口货物在上海口岸与国内其他地区、口岸之间的快速流动。尤其是2007年底起率先启动分类通关改革，使海关的监管效能和通关效率大大提升，试点至今，海关平均通关速度提高30％以上。为了建立与之相匹配的税收征管模式，上海海关制定了“担保验放、自动放行”的方案，确保试点顺利进行和税收的安全。
 
    第三，扩大内需刺激消费的政策效应有所显现，百强企业进口总体增长。2008年下半年以来，中央根据保发展、保民生、保稳定的经济工作方针，出台了一系列刺激消费、扩大内需的政策举措，汽车、家电等消费需求旺盛，进口量再现新高。2009年上海口岸进口便携式电脑征税达100亿元，汽车征税207亿元。此外，上海海关积极为企业提供优质服务，主动帮助企业用准、用足、用好税收优惠政策，切实发挥税收政策的扶持功能和杠杆作用。据统计，2009年上海海关为企业减免税款近70亿元。
 
    与此同时，部分税制改革对促进税收增长也起到了一定作用。增值税转型，对大部分内外资鼓励项目进口免税设备和加工贸易不作价设备实行进口环节增值税照章征收的政策，以及将矿产品增值税税率恢复到17%等政策，对海关2009年税收增长产生了一定的积极影响。