国家特案免税船舶登记政策出台后，办理一艘特案免税船舶审批、进口、检验、登记等手续涉及十一个环节的申请手续，费时通常要4-6个月。上海海事局从人性化角度考虑，从三个方面进行了优化：一是审批环节简化；进口环节简化；办结时限改进。这样可以减少申请人多地、多部门申领证的繁琐,加快办理时间，降低船舶所有人换旗时间成本。二是推进上海国际航运综合实验区相关政策与中资国际航运船舶特案免税登记政策的对接。特案免税登记的船舶可以转由国际航运发展综合实验区内的国际航运企业经营，从而享用区内国际航运企业的优惠政策。利用位于上海国际航运中心的国际航运综合实验区的有利政策环境，增加对流失的中资国际航运“方便旗”船舶回归的吸引力，促进中资国际航运船舶特案免税登记政策的实施。三是适时设立上海国际船舶登记中心。
 
    此外上海海事局已印发1万多册有关船舶登记新政的宣传手册，在全国各地宣传介绍免税登记制度。同时，在市建交委的协调下，虹口区也推出一系列配套政策，包括对转籍船舶给予财政扶持，积极为高级船员子女办理入学手续等，以吸引更多的外省市航运企业来沪集聚。
 
    截止2009年12月，已通过财政部审批的船舶，第一批全国有25艘，第二批全国有5艘，第三批全国有14艘，第四批全国有6艘，现已办理中国籍登记的船舶有29艘，总吨：612387。在申办中“方便旗”船舶21艘。