上海海事局围绕船舶自动识别系统AIS开发了综合运用AIS信息的“世博水上安保指挥系统”简称“GIS系统”，这一系统用于世博会期间水上交通安全与保障的组织、指挥。通过船载AIS及现场管理措施和手段实时掌控世博会期间黄浦江管控水域内船舶动态，加强针对性管控，有效提高管控效率。自2010年1月1日起至11月30日止，所有进入上海港黄浦江核心管制区水域（从南浦大桥止川杨河口下游100米）的船舶必须配备船舶自动识别系统（AIS），未配备的船舶，海事管理机构可以采取强制措施禁止船舶进入黄浦江核心管制区水域或上海内河水域、停航、改航等。
 
    目前上海港300总吨以上的国际航行船舶、300总吨以上的非国际航行船舶、供受油、残油污水接收作业船舶、泥浆渣土运输船舶都已经安装了AIS，黄浦江游览船及港作船已大部分安装了AIS。未安装AIS的船舶主要集中内河船舶。上海海事局根据进入黄浦江船舶的特殊情况，决定凡在2010年3月31日之前，进入黄浦江世博水域核心区的船舶还未安装AIS船舶自动识别系统的，将禁止船舶进入该水域。