4月8日，上海海关与南京海关共同签订了关际联动合作机制备忘录，就进一步优化联系配合，共同做好世博安保工作，缓解世博期间苏沪两地外贸物流给交通带来的压力，以及加快推进长三角经济社会一体化发展进程等问题达成了一致。沪宁关际联动合作秉承“优势互补、高效履职、互动协作、服务经济”的原则，坚持从经济发展全局出发，密切协作，逐步完善江苏、上海两地海关多层次、宽领域、经常性的沟通平台，共同推动苏沪两地开放型经济发展。联动合作主要包括加强信息交流、开展反走私合作、深入推进“属地申报、口岸验放”、加强业务交流等十方面的内容。
 
    据统计，2010年第一季度，上海与南京关区间共办理转关业务35万余批，货运量达450万余吨，同比分别增长34.6%和27%；共办理区域通关业务近1.5万票，货值超过15亿美元，同比分别增长109.4%和114.8%。而上海关区内9个已运作的特殊监管区域（保税区1个、保税物流园区1个、出口加工区6个以及洋山保税港区）与南京关区各特殊监管区域联系紧密。2009年，从上海特殊监管区域转至南京关区特殊监管区域的货物近15亿美元，南京关区各特殊监管区域转入上海特殊监管区域的货物达45.83亿美元。鉴于江苏、上海两地间货物流动性较大，两地海关决定建立联动发展模式，推动关区间互通共融、协作发展。